ตำบลบาโงย ก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2475 ได้ชื่อว่า "บาโงย" หมายถึง เขาเตี้ยๆ หรือ เนิน สาเหตุที่ได้ตั้งชื่อนี้ เนื่องจากกลางหมู่บ้านจะมีพื้นที่เป็นเนินขนาดกลาง น้ำไม่ท่วม มีประวัติความเป็นมาคือเดิมมีสามีภรรยาคู่หนึ่งเป็นชาวจีน สันนิษฐานว่ามาจากเมืองปัตตานี มาตั้งครอบครัว และมาค้าขาย กับเมืองรามัน (โกตาบารู) โดยขนสินค้าจากเมืองโกตาบารู ไปส่งท่าเรือปัตตานี และขนสินค้าจากปัตตานี มาส่งที่เมืองโกตาบารู เมื่อมีครอบครัวจึงมาสร้างบ้านเรือนบนเนินนี้ คนเมืองโกตาบารูเรียกคนนี้ว่า "โต๊ะบาโง" และเป็นต้นตระกูล "เด็งระกีนา" ซึ่งต้นตระกูลนี้เป็นผู้นำสืบทอดกันมาในตำบลบาโงยจนถึงปัจจุบัน จึงได้มีการนำคำว่า "บาโง" หรือ บาโงย มาตั้งเป็นชื่่อหมู่บ้านและตำบลจนถึงปัจจุบัน

ตำบลบาโงยได้รับการยกฐานะจากสภาตำบลเป็นองค์การบริหารส่วนตำบล ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย และมีผลบังคับใช้เมื่อปี 2542 โดยมีผู้บริหารคนแรกคือ นายอิสมาแอ เด็งระกีนา แบ่งเขตการปกครอง ออกเป็น 4 หมู่บ้าน มีจำนวนประชากรทั้งหมด 2,841 คน แยกเป็นชาย 1,407 คน และหญิง 1,434 คน การตั้งถิ่นฐานส่วนใหญ่ มีลักษณะเป็นแบบสังคมชนบท มีการกระจุกตัว อยู่เป็นกลุ่มบ้าน และบางส่วนจะกระจายไปตามพิ้นที่เกษตรกรรมของตนเอง โดยมีศาสนาสถานเป็นศูนย์กลาง